Protestantse Nieuwe Kerkgemeente Middelburg

Locatie: Nieuwe Kerk, Onder Den Toren 1, 4331 BD Middelburg
Website: nieuwekerkgemeente.nl

Wijkgemeente De Ontmoeting Middelburg

Locatie: Oosterscheldestraat 1, 4335 PA Middelburg
Website: www.ontmoetingmiddelburg.nl

Deze gemeente is een wijkgemeente van bijzondere aard binnen de Protestantse Gemeente Middelburg

Koorkerkgemeenschap Middelburg

Locatie: Koorkerk, Koorkerkhof 2, 4331 BB Middelburg
Website: www.koorkerk.nl
Gemeente is een samenwerkingsverband van de Vereniging van Vrijzinnig (Hervormden) Protestanten Middelburg en de Remonstrantse Gemeente Midden-Zeeland.

Waalse Gemeente

Locatie: Engelse Kerk, Simpelhuisstraat 12  4331PH Middelburg
Website: www.pgmiddelburg.nl/wijkgemeenten/waalse-gemeente

De Waalse Gemeente is een zelfstandige Franstalige gemeente binnen de PKN.